Le CHU de Djibouti regroupe 5 établissements de santé répartis dans la capitale, offrant des soins de qualité à toute la population.
Hôpital médico-chirurgical et de maternité desservant la commune de Balbala, l'une des plus densément peuplées de la capitale. Dispose de services de chirurgie viscérale, d'orthopédie, de maternité et de soins pédiatriques pour répondre aux besoins de la population du nord de la ville.
Hôpital spécialisé en gynécologie-obstétrique et néonatologie, situé dans la commune de Boulaos. Accueille les accouchements et assure la prise en charge des nouveau-nés. En 2025, inauguration d'une nouvelle banque de sang et d'un bloc opératoire dédié aux urgences obstétricales.
Centre National de Référence en Santé de la Reproduction, situé dans la commune de Balbala. Dédié à la santé maternelle et reproductive, à la planification familiale et à la promotion de la santé de la femme et de l'enfant. Couvre l'ensemble des quartiers ouest de la capitale.
Établissement spécialisé dans la prise en charge des maladies pulmonaires, de la tuberculose et des affections respiratoires chroniques, situé dans la commune de Boulaos. Dispose de bronchoscopes, d'un pléthysmographe et d'équipements de spirométrie pour le diagnostic et le suivi des patients.
Établissement médico-chirurgical de référence du CHU de Djibouti, situé dans la commune de Ras Dika. Doté d'un plateau technique de pointe : 11 blocs opératoires, IRM, 2 scanners 160 barrettes, angiographe, 24 générateurs d'hémodialyse et un service de cathétérisme cardiaque inauguré en 2025. Premier hôpital djiboutien certifié Agrément Canada.